Zakład Mikrobiologii i Biotechnologii Środowiskowej

Grupa badawcza przeprowadza strukturalne i funkcjonalne analizy genomiczne bakterii psychotolerancyjnych, odpornych na wysokie stężenia metali oraz związków toksycznych (wraz ze zdolnością ich utylizacji). Umożliwia to rekonstrukcję szlaków metabolicznych  in silico oraz zbadanie fenotypów oporności i tolerancji analizowanych szczepów. Analizy genomowe i obliczeniowe obejmują też ruchome elementy genetycznych (MGE) bakterii ekstremofilnych.

W toku analiz metagenomicznych środowisk ekstremalnych, grupa analizuje zarówno zróżnicowanie taksonomiczne, jak i funkcjonalne poprzez stosowanie różnych metod sekwencjonowania. Analizy metatranskryptomiczne umożliwiają identyfikację części informacji genetycznej, która jest wykorzystywana w środowiskach ekstremalnych. Przeprowadzone analizy mają przede wszystkim wartość ekologiczną, umożliwiając wgląd mikrobiomów czy cechy adaptacyjne konsorcjów mikrobiologicznych środowisk ekstremalnych.

Poprzez analizę metagenomiczną metawiromu nisz ekologicznych oraz klasyczną analizę izolatów fagowych w małej skali, grupa badawcza analizuje wiriomy środowisk ekstremalnych. Wykorzystanie technik sekwencjonowania, bioinformatyki i biologii molekularnej umożliwia poszerzenie wiedzy na temat relacji między fagami i bakteriami, a także ujawnić rolę tych wirusów w adaptacji ich gospodarzy do warunków środowiskowych. Analizy obejmują również charakterystykę różnych modułów genetycznych fagów, co prowadzi do lepszego zrozumienia ich koewolucji z bakteriami. Grupa prowadzi również identyfikację in silico sekwencji profagów w genomach bakteryjnych, tworzy ich charakterystykę oraz analizę filogenetyczną i filogenetyczną.

Jednym z czynników sprzyjających niszczeniu obiektów dziedzictwa kulturowego jest ich zasiedlanie przez mikroogranizmy. Proces ten nazywany jest biodeterioracją i polega na chemicznym rozpuszczaniu materiałów przez działanie metabolitów (głównie kwasów) wytwarzanych przez bakterie i grzyby.

W prowadzonych projektach projektach, przy użyciu klasycznych technik mikrobiologicznych oraz metagenomiki, badana jest korelacji między różnorodnością mikroorganizmów, a ich aktywnością na powierzchniach obiektów historycznych i archeologicznych. Badany również jest wpływ czynników abiotycznych na strukturę i funkcjonowanie mikrobiomów powodujących biodeteriorację. Znaczenie aplikacyjne projektów ujawnia się w wykrywaniu potencjalnych zagrożeń epidemiologicznych oraz opracowaniu technik konserwacyjnych. Projekty realizowane są we współpracy z kilkoma polskimi muzeami, m.in. Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie.

Mikroorganizmy mają zdolność modyfikacji metali ciężkich (poprzez przeprowadzanie procesów chemicznych czy kompleksowanie). Metale są wykorzystywane jako źródła energii lub jako elementy struktury enzymów. Mogą być też usuwane w postaci jonów metali z komórek. Zdolność modyfikacji metali oraz mechanizmy detoksykacji przez mikroorganizmy mogą być wykorzystywane w biometalurgii oraz bioremediacji.

Grupa jest zaangażowana w projekty dotyczące fizjologii, metabolizmu i genomiki mikroorganizmów tolerujących wysokie stężenie metali w środowisku. Analizowane są: mechanizmy adaptacji mikroorganizmów, geny oporności i metabolizmu metali ciężkich, rola drobnoustrojów w bioremediacji oraz rozwój konsorcjów biokopalnianych do przerobu złóż mineralnych i optymalizacji systemów bioługowania.

W ramach działań B+R powstaje strategia biometalurgicznego i bioremediacyjnego wykorzystania mikroorganizmów. Jednym z osiągnięć jest pilotażowa instalacja wykorzystującą potencjał mikrobiologicznego utleniania do usuwania arsenu z zanieczyszczonych wód (technologia MicroAsOx). Obecnie grupa skupia się nad opracowaniem systemów łączących sfunkcjonalizowane materiały pochodzące z popiołu lotnego z mikroorganizmami w celu ulepszonej bioremediacji gleb, wód i gazów przemysłowych.

Grupa prowadzi analizy antybiotykooporności w środowiskach  zarówno niezmienionych przez człowieka, jak i antropogenicznie ukształtowanych. Badania skupiają się głównie na genetycznych aspektach odporności na najistotniejsze środki przeciwdrobnoustrojowe, takie jak kolistyna. Badacze opracowali również narzędzia bioinformatyczne do śledzenia oporności na antybiotyki w różnych środowiskach, w tym baza danych starterów do PCR do wykrywania genów oporności na antybiotyki. Obejmuje ona ponad 600 par starterów do PCR zaprojektowanych do amplifikacji genów nadających oporność na antybiotyki. Wykorzystywane tam parametry oceniono przy pomocy kolejnego narzędzia stworzonego przez grupę: UniPriVal. Może być ono wykorzystywane do analiz dowolnej pary starterów, pomagając w optymalizacji dalszych badań.

Zanieczyszczenie gleby ropą naftową i innymi związkami organicznymi stanowi poważne zagrożenie ekologiczne. Bioremediacja, jako technologia ich oczyszczania, okazała się podejściem ekonomicznym i przyjaznym dla środowiska. Efektem działań grupy jest opracowanie i wdrożenie: pakietu procedur doboru odpowiednich metod biostymulacji i bioaugmentacji (BioRem Service Pack), szczepionek mikrobiologicznych do bioremediacji gleby zanieczyszczonej olejem (BioRemOil) oraz strategii przygotowania dedykowanej szczepionki opartej na rodzimej mikroflorze.

Działania grupy opierają się na środowiskowych badaniach przesiewowych pod kątem mikroorganizmów o nadających się do różnych technologii bioremediacji, analizach molekularnych i biochemicznych. Obecnie opracowywana jest system łączący funkcjonalizowane materiały pochodzące z popiołu lotnego z mikroorganizmami w celu ulepszonej bioremediacji gleb, wód i gazów.

Grupa zajmuje się również badaniami dotyczącymi fermentacji beztlenowej, będącej metodą unieszkodliwiania odpadów organicznych, której celem jest zmniejszenie ich ilości przy jednoczesnej produkcji energii w postaci metanu (biogazu). Rezultatami projektu są: strategia przygotowania konsorcjum mikrobiologicznego, zwiększającego stabilność i tempo degradacji substratu, opracowanie mieszanki DigestPrep do hydrolizy biomasy lignocelulozowej i zwiększenia wydajności produkcji biogazu oraz opracowanie biomarkerów  do badań przesiewowych i kontrolnych konsorcjów produkujących metan.

Kolejnym opracowanym przez grupę produktem jest mieszanina LipoPrep – mikrobiologicznego konsorcjum hydrolitycznego zawierającego szczepy o wysokiej aktywności hydrolitycznej oraz szerokim zakresie tolerancji na różne warunki, wykorzystywana do wstępnej obórki osadów ściekowych. W ramach projektu MethaPrep została opracowana technologia lepszego wykorzystania surowego osadu ściekowego i skonstruowany został prototyp mobilnej komory beztlenowej.

Grupa bada wpływ bioaugmentacji gleby mikroorganizmami na tempo wzrostu, morfologię roślin, ich tolerancję oraz bioakumulację metali. Obecnie prace skupiają się na nowatorskich bionawozów, łączących sfunkcjonalizowane materiały pochodzące z popiołu lotnego z immobilizowanymi mikroorganizmami i ich metabolitami. Badany jest również wpływ mikrobiologicznej stymulacji wzrostu roślin na obecny w środowisku mikrobiom.

Celem naszych badań jest opracowanie i wdrożenie technologii mikroprzepływowych o bardzo wysokiej przepustowości, które pozwolą na selekcję najbardziej wydajnych komórek i konsorcjów bakterii spośród tysięcy, a nawet milionów kombinacji szczepów środowiskowych lub subpopulacji mikroorganizmów. Mikroprzepływy oferują prowadzenie ogromnej liczby reakcji, nawet do 100 milionów dziennie, w mikroskopijnych bioreaktorach kroplowych, które można analizować za pomocą metod optycznych, takich jak fluorescencja lub absorbancja. Odczyt i sortowanie kropel może opierać się na wzroście bakterii lub obecności wykrywalnych produktów biokatalizy. Najbardziej aktywne szczepy wyselekcjonowane przy użyciu mikroprzepływów o wysokiej przepustowości są następnie charakteryzowane za pomocą metod genomicznych oraz analiz fenotypowych.

Organizmy zbudowane są z dużej liczby różnorodnych i wysoce wyspecjalizowanych komórek. Aby lepiej zrozumieć rolę każdej z nich, powinny one być badanie na poziomie pojedynczej komórki. Jednym z najważniejszych osiągnięć nauk analitycznych w ciągu ostatnich dziesięciu lat było wdrożenie kroplowych technologii mikroprzepływowych do analizy pojedynczych komórek za pomocą sekwencjonowania RNA (RNA-seq). Profilowanie oparte na profilowaniu transkryptomów pojedynczych komórek pozwoliło na bardzo szczegółowy opis stanu fizjologicznego tysięcy pojedynczych komórek i doprowadziło do skutecznego określenia typów, trajektorii różnicowania i oddziaływań pomiędzy komórkami. Metody te są szczególnie cenione w tych dziedzinach nauki, gdzie badane są wysoce złożone tkanki – np. w onkologii molekularnej, immunologii, embriologii i wielu innych obszarach badań biomedycznych. W naszych projektach badawczych wdrażamy już opracowane unikalne techniki, a także rozwijamy nowatorskie wieloetapowe metody mikrokroplowe do badania transkryptomów i genomów pojedynczych komórek.

Laboratorium Epitrasnkryptomiki skupia się na badaniu wpływu chemicznie modyfikowanych nukleotydów na procesy komórkowe zależne od RNA. W obszarze zainteresowań grupy znajdują się modyfikacje kwasów rybonukleinowych zarówno komórek eukariotycznych jak i wirusów. Wirusy wykorzystują chemiczne modyfikacje nukleotydów, aby „ukryć” swój materiał genetyczny przed receptorami ze szlaków odpowiedzi immunologicznej komórek gospodarza. Nasz zespół, wykorzystując metody biochemiczne, biologii molekularnej i komórkowej, próbuje zrozumieć, w jaki sposób modyfikacje chemiczne wirusowego RNA wpływają na potencjał immunogenny i stabilność tego RNA w zainfekowanych komórkach. Ponadto, badamy, jak modyfikacje epitranskryptomiczne występujące w eukariotycznym mRNA zmieniają jego właściwości biologiczne. Interesuje nas, jak na biosyntezę białek czy stabilność samego transkryptu wpływają modyfikacje przede wszystkim końca 5΄ mRNA.

Numer projektu: 2016/23/N/NZ9/01655
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: The influence of soil bioaugumentation with arsenic oxidizing bacteria on the structure and activity of microorganisms in soil in the context of their interaction with metalophyts
Okres realizacji: 2017-2020
Kierownik: K. Dębiec-Andrzejewska
Opis projektu (j. ang.): Przeczytaj

Numer projektu: 2016/21/N/NZ1/00275
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Functional analysis of plasmids of a psychrophilic bacterium Psychrobacter sp. ANT_AH3 – a study of the influence of plasmids on cell biology and shaping of the multireplicon genome
Okres realizacji: 2017-2020
Kierownik: K. Romaniuk
Opis projektu (j. ang.):Przeczytaj

Numer projektu: 2015/19/N/NZ9/00478
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Effect of zeolites on anaerobic digestion of sewage sludge – determination of process kinetics and changes in the structure of microbial community
Okres realizacji: 2016-2018
Kierownik: M. Ciezkowska
Opis projektu (j. ang.):Przeczytaj

Numer projektu: GEKON2/02/266405/7/2015
Funding agencies: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju; Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej
Tytuł projektu: Development of biotechnology for enhanced utilization of raw sewage sludge and the construction of mobile anaerobic digester
Okres realizacji: 2015-2017
Kierowniks: Ł. Drewniak and Ł. Dziewit
Opis projektu (j. ang.): Przeczytaj

Numer projektu: 0107/IP1/2015/73
Funding agencies: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Genomic and physiological basis of adaptation mechanisms of dissimilatory arsenate reducing bacteria
Okres realizacji: 2015-2017
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: 0090/IP1/2015/73
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Identification and characterization of Alphaproteobacteria phages
Okres realizacji: 2015-2017
Kierownik: Ł. Dziewit
Opis projektu (j. ang.):Przeczytaj

Numer projektu: LIDER/043/403/L-4/12/NCBR/2013
Funding agencies: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Tytuł projektu: Microbial system for arsenic removal from contaminated waters
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: 2013/09/D/NZ8/03046
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Diversity of mobile genetic elements and their role in biology, adaptation and evolution of Antarctic strains of psychrophilic bacteria
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: Ł. Dziewit
Opis projektu (j. ang.):Przeczytaj

Numer projektu: DI2013 012543
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Functional analysis of the genetic modules of plasmid pP32BP2 of psychrophilic Psychrobacter sp. DAB_AL32B – the role of plasmid in biofilm formation, osmoprotection, cryoprotection and betaine, choline and carnitine metabolism
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: A. Ciok
Opis projektu (j. ang.):Przeczytaj

Numer projektu: UDA-POIG.01.03.02-00-084/12 (Innowacyjna Ekonomia 1.3.2.; Fundusze Europejskie)
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Tytuł projektu: Obtaining patent protection for the invention – The use of arsenite oxidizing bacteria in arsenic removal from contaminated water and soil
Okres realizacji: 2013-2015
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: UDA-POIG.01.03.02-00-087/12-00 (Innowacyjna Ekonomia 1.3.2.; Fundusze Europejskie)
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Tytuł projektu: Obtaining patent protection for the invention – The use of dissimilatory arsenate reducing bacteria in arsenic release from minerals resources
Okres realizacji: 2013-2015
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: 177481
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Tytuł projektu: Optimization of the two-step reactor for the high-methane biogas production – developing of biostarters and markers of the methane fermentation
Okres realizacji: 2012-2015
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: 0114/IP1/2011/71
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Comparative structural and functional genomics of Paracoccus aminovorans JCM 7685 and Paracoccus aminophilus JCM 7686 – methylotrophic bacteria utilizing toxic compounds
Okres realizacji: 2012-2014
Kierownik: Ł. Dziewit

Numer projektu: N N303 816340
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Biology and evolution of Arctic strains of the genus Psychrobacter in the light of genomic analyses
Okres realizacji: 2011-2014
Kierownik: Ł. Dziewit

Numer projektu: N N302 083639
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Structural and functional characteristics of plasmid pSinA of Sinorhizobium sp. M14 (carrying the genes for arsenic metabolism), and its use in bioremediation of arsenic contaminated environments
Okres realizacji: 2010-2013
Kierownik: Ł. Drewniak

Numer projektu: 0086/P01/2010/70
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Identification, analysis and usage of the genetic modules responsible for utilization of toxic compounds for the construction of bacterial strains useful in bioremediation processes
Okres realizacji: 2010-2011
Kierownik: Ł. Dziewit

Numer projektu: 0079/P01/201070
Instytucja finansująca: Ministestwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Biogeochemistry of arsenic – biotechnological removal of arsenic from minerals and mineral industry
Okres realizacji: 2010-2011
Kierownik: Ł. Drewniak

1. Gorecki A., Holm S., Dziurzynski M., Winkel M., Yang S., Liebner S., Wagner D., Dziewit L., Horn F. 2021. Metaplasmidome-encoded functions of Siberian low-centered polygonal tundra soils. ISME Journal 15: 3258–3270.
2. Bujak K., Decewicz P., Rosinska J.M., Radlinska M. 2021. Genome study of a novel virulent phage vB_SspS_KASIA and Mu-like prophages of Shewanella sp. M16 provides insights into the genetic diversity of the Shewanella virome. International Journal of Molecular Sciences 22: 11070.
3. Fondi M., Gonzi S., Dziurzynski M., Turano P., Ghini V., Calvanese M., Colarusso A., Lauro C., Parrilli E., Tutino M.L. 2021. Modelling hCDKL5 heterologous expression in bacteria. Metabolites 11: 491.
4. Fiodor A., Singh S., Pranaw K. 2021. The contrivance of plant growth promoting microbes to mitigate climate change impact in agriculture. Microorganisms 9: 1841.
5. Krucon T., Dziewit L., Drewniak L. 2021. Insight into ecology, metabolic potential, and the taxonomic composition of bacterial communities in the periodic water pond on King George Island (Antarctica). Frontiers in Microbiology 12: 708607.
6. Liu Z., Liang Z., Zhou Z., Li L., Meng D., Li X., Tao J., Jiang Z., Gu Y., Huang Y., Liu X., Yang Z., Drewniak L., Liu T., Liu Y., Liu S., Wang J., Jiang C., Yin H. 2021. Mobile genetic elements mediate the mixotrophic evolution of novel Alicyclobacillus species for acid mine drainage adaptation. Environmental Microbiology 23: 3896-3912
7. Chmielowska C., Korsak D., Chapkauskaitse E., Decewicz P., Lasek R., Szuplewska M., Bartosik D. 2021. Plasmidome of Listeria spp. – the repA-family business. International Journal of Molecular Sciences 22: 10320.
8. Yang Z.,Liu Z., Dabrowska M., Debiec-Andrzejewska K., Stasiuka R., Yin H., Drewniak L.. 2021. Biostimulation of sulfate-reducing bacteria used for treatment of hydrometallurgical waste by secondary metabolites of urea decomposition by Ochrobactrum sp. POC9: From genome to microbiome analysis. Chemosphere 282: 131064.
9. Yang Z., Liu Z., Sklodowska A., Musialowski M., Bajda T., Yin H., Drewniak L. 2021. Microbiological sulfide removal – from microorganism isolation to treatment of industrial effluent. Microorganisms 9: 611.
10. Dabrowska M., Debiec-Andrzejewska K., Andrunik M., Bajda T., Drewniak L. 2021. The biotransformation of arsenic by spent mushroom compost – An effective bioremediation agent. Ecotoxicology and Environmental Safety. 213: 112054.
11. Yang Z., Karczewska-Golec J., Styczynski M., Bajda T., Drewniak L. 2021. Characterization of Fe-based sediments received from chemical pre-treatment of hydrometallurgical waste leachate from the recycling of alkaline batteries. Journal of Hazardous Materials 403: 123988.
12. Pyzik A., Ciuchcinski K., Dziurzynski M., Dziewit L. 2021. The bad and the good – microorganisms in cultural heritage environments – an update on biodeterioration and biotreatment approaches. Materials 14: 177.
13. Tao J., Liu X., Luo X., Teng T., Jiang C., Drewniak L., Yang Z., Yin H. 2021. An integrated insight into bioleaching performance of chalcopyrite mediated by microbial factors: Functional types and biodiversity. Bioresource Technology319: 124219.
14. Dyda M., Laudy A., Decewicz P., Romaniuk K., Ciezkowska M., Szajewska A., Solecka D., Dziewit L., Drewniak L., Sklodowska A. 2021. Diversity of biodeteriorative bacterial and fungal consortia in winter and summer on historical sand-stone of the Northern Pergola, Museum of King John III’s Palace at Wilanow, Poland. Applied Sciences. 11: 620.
15. Roszczenko-Jasinska P., Krucon T., Stasiuk R., Matlakowska R. 2021. Occurrence of XoxF-type methanol dehydrogenases in bacteria inhabiting light lanthanide-rich shale rock. FEMS Microbiology Ecology.97: fiaa259.
16. Liu Z., Liang Z., Zhou Z., Li L., Meng D., Li X., Tao J., Jiang Z., Gu Y., Huang Y., Liu X., Yang Z., Drewniak L., Liu T., Liu Y., Liu S., Wang J., Jiang C., Yin H. 2021. Mobile genetic elements mediate the mixotrophic evolution of novel Alicyclobacillus species for acid mine drainage adaptation. Environmental Microbiology 23: 3896-3912

1. Styczynski M., Rogowska A., Gieczewska K., Garstka M., Szakiel A., Dziewit L. 2020. Genome-based insights into the production of carotenoids by Antarctic bacteria, Planococcus sp. ANT_H30 and Rhodococcus sp. ANT_H53B. Molecules 25: 4357.
2. Retka J., Rzepa G., Bajda T., Drewniak L. 2020. The use of mining waste materials for the treatment of acid and alkaline mine wastewater. Minerals 10:1061.
3. Bujak K., Decewicz P., Kaminski J., Radlinska M. 2020. Identification, characterization, and genomic analysis of novel Serratia temperate phages from a gold mine. International Journal of Molecular Sciences 21: 6709.
4. Ciezkowska M., Bajda T., Decewicz P., Dziewit L., Drewniak L. 2020. Effect of clinoptilolite and halloysite addition on biogas production and microbial community structure during anaerobic digestion. Materials 13: 4127.
5. Staicu L.C., Wojtowicz P., Posfai M., PekkerP., Gorecki A., Jordan F.L., Barton L.L. 2020. PbS biomineralization using cysteine: Bacillus cereus and the sulfur rush. FEMS Microbiology Ecology 96: fiaa151.
6. Pranaw K., Pidlisnyuk V., Trogl J., Malinska H. 2020. Bioprospecting of a novel plant growth-promoting bacterium Bacillus altitudinis KP-14 for enhancing Miscanthus × giganteus growth in metals contaminated soil. Biology 9: 305.
7. Piotrowska M., Dziewit L., Ostrowski R., Chmielowska C., Popowska M. 2020. Molecular characterization and comparative genomics of IncQ-3 plasmids conferring resistance to various antibiotics isolated from a wastewater treatment plant in Warsaw (Poland). Antibiotics 9: 613.
8. Retka J., Uhrynowski W., Drewniak L. 2020. Biotechnological processing of spent electrolyte from lead-acid batteries. Przemysl Chemiczny 99: 911-915.
9. Dziurzynski M., Ciuchcinski K., Dyda M., Szych A., Drabik P., Laudy A., Dziewit L. 2020. Assessment of bacterial contamination of air at the museum of King John III’s palace at Wilanow (Warsaw, Poland): Selection of an optimal growth medium for analyzing airborne bacteria diversity. Applied Sciences 10: 7128.
10. Maj A., Dziewit L., Drewniak L., Garstka M., Krucon T., Piatkowska K., Gieczewska K., Czarnecki J., Furmanczyk E., Lasek R., Baj J., Bartosik D. 2020. In vivo creation of plasmid pCRT01 and its use for the construction of carotenoid-producing Paracoccus spp. strains that grow efficiently on industrial wastes. Microbial Cell Factories 19: 141.
11. Bilinski J., Dziurzynski M., Grzesiowski P., Podsiadly E., Stelmaszczyk-Emmel A., Dzieciatkowski T., Dziewit L., Basak G.W. 2020. Multimodal approach to assessment of fecal microbiota donors based on three complementary methods. Journal of Clinical Medicine 9: 2036.
12. Debiec-Andrzejewska K., Krucon T., Piatkowska K., Drewniak L. 2020. Enhancing the plants growth and arsenic uptake from soil using arsenite-oxidizing bacteria. Environmental Pollution 264: 114692.
13. Decewicz P., Golec P., Szymczak M., Radlinska M., Dziewit L. 2020. Identification and characterization of the first virulent phages, including a novel jumbo virus, infecting Ochrobactrum spp. International Journal of Molecular Sciences 21: 2096.
14. Staicu L.C., Bajda T., Drewniak L., Charlet L. 2020. Power generation: Feedstock for high-value sulfate minerals. Minerals 10: 188.
15. Szymczak M., Grygorcewicz B., Karczewska-Golec J., Decewicz P., Pankowski J., Orszagh-Szturo H., Bacal P., Dolegowska B., Golec P. 2020. Characterization of a unique Bordetella bronchiseptica vB_BbrP_BB8 bacteriophage and its application as an antibacterial agent. International Journal of Molecular Sciences 21: 1403.
16. Jagielski T., Borowka P., Bakula Z., Lach J., Marciniak B., Brzostek A., Dziadek J., Dziurzynski M., Pennings L., van Ingen J., Zolnir-Dovc M., Strapagiel D. 2020. Genomic insights into the Mycobacterium kansasii complex: an update. Frontiers in Microbiology 10: 2918.
17. Yang Z., Uhrynowski W., Jakusz G., Retka J., Karczewska-Goleca J., Debiec-Andrzejewska K., Rogulski Z., Drewniak L. 2020. Biochemical treatment of leachates from hydrometallurgical recycling of spent alkaline batteries. Hydrometallurgy 191: 105223.

1. Romaniuk K., Styczynski M., Decewicz P., Buraczewska O., Uhrynowski W., Fondi M., Wolosiewicz M., Szuplewska M., Dziewit L. 2019. Diversity and horizontal transfer of Antarctic Pseudomonas spp. plasmids. Genes 10: 850. Przeczytaj.
2. Dyda M., Pyzik A., Wilkojc E., Kwiatkowska-Kopka B., Sklodowska A. 2019. Bacterial and fungal diversity inside the medieval building constructed with sandstone plates and lime mortar as an example of the microbial colonization of a nutrient-limited extreme environment (Wawel Royal Castle, Krakow, Poland). Microorganisms 7: 416. Przeczytaj.
3. Edwards R.A., Vega A.A., Norman H.M., Ohaeri M., Levi K., Dinsdale E.A., Cinek O., Aziz R.K., McNair K., Barr J.J., Bibby K., Brouns S.J.J., Cazares A., de Jonge P.A., Desnues C., Diaz Munoz S.L., Fineran P.C., Kurilshikov A., Lavigne R., Mazankova K., McCarthy D.T., Nobrega F.L., Reyes Munoz A., Tapia G., Trefault N., Tyakht A.V., Vinuesa P., Wagemans J., Zhernakova A., Aarestrup F.M., Ahmadov G., Alassaf A., Anton J., Asangba A., Billings E.K., Cantu V.A., Carlton J.M., Cazares D., Cho G.S., Condeff T., Cortés P., Cranfield M., Cuevas D.A., De la Iglesia R., Decewicz P., Doane M.P., Dominy N.J., Dziewit L., Elwasila B.M., Eren A.M., Franz C., Fu J., Garcia-Aljaro C., Ghedin E., Gulino K.M., Haggerty J.M., Head S.R., Hendriksen R.S., Hill C., Hyoty H., Ilina E.N., Irwin M.T., Jeffries T.C., Jofre J., Junge R.E., Kelley S.T., Khan Mirzaei M., Kowalewski M., Kumaresan D., Leigh S.R., Lipson D., Lisitsyna E.S., Llagostera M., Maritz J.M., Marr L.C., McCann A., Molshanski-Mor S., Monteiro S., Moreira-Grez B., Morris M., Mugisha L., Muniesa M., Neve H., Nguyen N.P., Nigro O.D., Nilsson A.S., O’Connell T., Odeh R., Oliver A., Piuri M., Prussin II A.J., Qimron U., Quan Z.X., Rainetova P., Ramirez-Rojas A., Raya R., Reasor K., Rice G.A.O., Rossi A., Santos R., Shimashita J., Stachler E.N., Stene L.C., Strain R., Stumpf R., Torres P.J., Twaddle A., Ugochi Ibekwe M., Villagra N., Wandro S., White B., Whiteley A., Whiteson K.L., Wijmenga C., Zambrano M.M., Zschach H., Dutilh B.E. 2019. Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage. Nature Microbiology 4: 1727–1736. Przeczytaj.
4. Poszytek K., Karczewska-Golec J., Dziurzynski M., Stepkowska-Kowalska O., Gorecki A., Decewicz P., Dziewit L., Drewniak L. 2019. Genome-wide and functional view of proteolytic and lipolytic bacteria for efficient biogas production through enhanced sewage sludge hydrolysis. Molecules 24: 2624. Przeczytaj.
5. Gorecki A., Decewicz P., Dziurzynski M., Janeczko A., Drewniak L., Dziewit L. 2019. Literature-based, manually-curated database of PCR primers for the detection of antibiotic resistance genes in various environments. Water Research 161: 211-221. Przeczytaj.
6. Ryniewicz J., Decewicz P., Dziewit L., Zych M. 2019. Is bacterial microbiome from the Polemonium caeruleum L. (Polemoniaceae) nectar geographically variable? Acta Societatis Botanicorum Poloniae 88: 3626. Przeczytaj.
7. Tuchowska M., Rzepa G., Debiec-Andrzejewska K., Drewniak L., Bajda T. 2019. Immobilization of arsenic compounds by bog iron ores. Desalination and Water Treatment 157: 138-147. Przeczytaj.
8. Decewicz P., Dziewit L., Golec P., Kozlowska P., Bartosik D., Radlinska M. 2019. Characterization of the virome of Paracoccus spp. (Alphaproteobacteria) by combined in silico and in vivo approaches. Scientific Reports 9: 7899. Przeczytaj.
9. Ciok A., Cegielski A., Bartosik D., Dziewit L. 2019. Benefits and drawbacks of harboring plasmid pP32BP2, identified in Arctic psychrophilic bacterium Psychrobacter sp. DAB_AL32B. International Journal of Molecular Sciences 20: 2015. Przeczytaj.
10. Rogowska A., Styczynski M., Paczkowski C., Szakiel A. Angelo M., de Carvalho P. 2019. GC-MS analysis of steroids and triterpenoids occurring in leaves and tubers of Tamus edulis Lowe. Phytochemistry Letters 30: 231-234. Przeczytaj.
11. Uhrynowski W., Radlinska M., Drewniak L. 2019. Genomic analysis of Shewanella sp. O23S – the natural host of the pSheB plasmid carrying genes for arsenic resistance and dissimilatory reduction. International Journal of Molecular Sciences 20: 1018. Przeczytaj.
12. Matula K., Richter L., Janczuk-Richter M., Nogala W., Grzeszkowiak M., Peplinska B., Jurga S., Wyroba E., Suski S., Bilski H., Silesian A., Bluyssen H.A.R., Derebecka N., Wesoły J., Łos J.M., Łos M., Decewicz P., Dziewit L., Paczesny J., Hołyst R. 2019. Phenotypic plasticity of Escherichia coli upon exposure to physical stress induced by ZnO nanorods. Scientific Reports 9: 8575. Przeczytaj.
13. Ciok A., Dziewit L. 2019. Exploring the genome of Arctic Psychrobacter sp. DAB_AL32B and construction of novel Psychrobacter-specific cloning vectors of an increased carrying capacity. Archives of Microbiology 201: 559-569. Przeczytaj.

1. Pyzik A., Ciezkowska M., Krawczyk P.S., Sobczak A., Drewniak L., Dziembowski A., Lipinski L. 2018. Comparative analysis of deep sequenced methanogenic communities: identification of microorganisms responsible for methane production. Microbial Cell Factories 17: 197. Przeczytaj.
2. Romaniuk K., Golec P., Dziewit L. 2018. Insight into the diversity and possible role of plasmids in the adaptation of psychrotolerant and metalotolerant Arthrobacter spp. to extreme Antarctic environments. Frontiers in Microbiology 9: 3144. Przeczytaj.
3. Fagorzi C., Checcucci A., diCenzo G.C., Debiec-Andrzejewska K., Dziewit L., Pini F., Mengoni A. 2018. Harnessing rhizobia to improve heavy-metal phytoremediation by legumes. Genes 9: 542. Przeczytaj.
4. Lasek R., Szuplewska M., Mitura M., Decewicz P., Chmielowska C., Pawlot A., Sentkowska D., Czarnecki J., Bartosik D. 2018. Genome structure of the opportunistic pathogen Paracoccus yeei (Alphaproteobacteria) and identification of putative virulence factors. Frontiers in Microbiology 9: 2553. Przeczytaj.
5. Jagielski T., Gawor J., Bakuła Z., Decewicz P., Maciszewski K., Karnkowska A. 2018. cytb as a new genetic marker for differentiation of Prototheca species. Journal of Clinical Microbiology 56: e00584-18. Przeczytaj.
6. diCenzo G.C., Debiec K., Krzysztoforski J., Uhrynowski W., Mengoni A., Fagorzi C., Gorecki A., Dziewit L., Bajda T., Rzepa G., Drewniak L. 2018. Genomic and biotechnological characterization of the heavy-metal resistant, arsenic-oxidizing bacterium Ensifer sp. M14. Genes 9: 379. Przeczytaj.
7. Poszytek K., Karczewska-Golec J., Ciok A., Decewicz P., Dziurzynski M., Gorecki A., Jakusz G., Krucon T., Lomza P., Romaniuk K., Styczynski M., Yang Z., Drewniak L., Dziewit L. 2018. Genome-guided characterization of Ochrobactrum sp. POC9 enhancing sewage sludge utilization – biotechnological potential and biosafety considerations. International Journal of Environmental Research and Public Health 15: 1501. Przeczytaj.
8. Romaniuk K., Ciok A., Decewicz P., Uhrynowski W., Budzik K., Nieckarz M., Pawlowska J., Zdanowski M.K., Bartosik D., Dziewit L. 2018. Insight into heavy metal resistome of soil psychrotolerant bacteria originating from King George Island (Antarctica). Polar Biology 41: 1319-1333. Przeczytaj.
9. Ciok A., Budzik K., Zdanowski M.K., Gawor J., Grzesiak J., Decewicz P., Gromadka R., Bartosik D., Dziewit L. 2018. Plasmids of psychrotolerant Polaromonas spp. isolated from Arctic and Antarctic glaciers – diversity and role in adaptation to polar environments. Frontiers in Microbiology 9: 1285. Przeczytaj.
10. Dyda M., Decewicz P., Romaniuk K., Wojcieszak M., Sklodowska A., Dziewit L., Drewniak L., Laudy A. 2018. Application of metagenomic methods for selection of an optimal growth medium for bacterial diversity analysis of microbiocenoses on historical stone surfaces. International Biodeterioration & Biodegradation 131: 2-10. Przeczytaj.
11. Debiec K., Rzepa G., Bajda T., Uhrynowski W., Sklodowska A., Krzysztoforski J., Drewniak L. 2018. Granulated bog iron ores as sorbents in passive (bio)remediation systems for arsenic removal. Frontiers in Chemistry 6: 54. Przeczytaj.
12. Sklodowska A., Mielnicki S., Drewniak L. 2018. Raoultella sp. SM1, a novel iron-reducing and uranium-precipitating strain. Chemosphere 195: 722-726. Przeczytaj.
13. Kaminski A., Pusz A., Drewniak L. 2018. Determination of the soil state on the area of fuel distribution station for her potential remediation. Przemysl Chemiczny 97: 410-415. Przeczytaj.
14. Kaminski A., Pusz A., Drewniak L. 2018. Remediation of soil-water environment on the fuel distribution station area by in situ method. Przemysl Chemiczny 97: 1575-1579. Przeczytaj.

1. Czarnecki J., Dziewit L., Puzyna M., Prochwicz E., Tudek A., Wibberg D., Schlüter A., Pühler A., Bartosik D. 2017. Lifestyle-determining extrachromosomal replicon pAMV1 and its contribution to the carbon metabolism of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminovorans JCM 7685. Environmental Microbiology 19: 4536-4550. Przeczytaj.
2. Labudda L., Strapagiel D., Karczewska-Golec J., Golec P. 2017. Complete annotated genome sequences of four Klebsiella pneumoniae phages isolated from sewage in Poland. Genome Announcements 5: e00919-17. Przeczytaj.
3. Lasek R., Dziewit L., Ciok A., Decewicz P., Romaniuk K., Jedrys Z., Wibberg D., Schlüter A., Pühler A., Bartosik D. 2017. Genome content, metabolic pathways and biotechnological potential of the psychrophilic Arctic bacterium Psychrobacter sp. DAB_AL43B, a source and a host of novel Psychrobacter-specific vectors. Journal of Biotechnology 263: 64-74. Przeczytaj.
4. Wojcieszak M., Pyzik A., Poszytek K., Krawczyk P.S., Sobczak A., Lipinski L., Roubinek O., Palige J., Sklodowska A., Drewniak L. 2017. Adaptation of methanogenic inocula to anaerobic digestion of maize silage. Frontiers in Microbiology 8: 1881. Przeczytaj
5. Debiec K., Rzepa G., Bajda T., Zych L., Krzysztoforski J., Sklodowska A., Drewniak L. 2017. The influence of thermal treatment on bioweathering and arsenic sorption capacity of a natural iron (oxyhydr)oxide-based adsorbent. Chemosphere 188: 99-109. Przeczytaj
6. Poszytek K., Pyzik A., Sobczak A., Lipinski L., Sklodowska A., Drewniak L. 2017. The effect of the source of microorganisms on adaptation of hydrolytic consortia dedicated to anaerobic digestion of maize silage. Anaerobe 46: 46-55. Przeczytaj
7. Romaniuk K., Krucon T., Decewicz P., Gorecki A., Dziewit L. 2017. Molecular characterization of the pA3J1 plasmid from the psychrotolerant Antarctic bacterium Pseudomonas sp. ANT_J3. Plasmid 92: 49-56. Przeczytaj
8. Decewicz P., Radlinska M., Dziewit L. 2017. Characterization of Sinorhizobium sp. LM21 prophages and virus-encoded DNA methyltransferases in the light of comparative genomic analyses of the sinorhizobial virome. Viruses 9: 161. Przeczytaj
9. Uhrynowski W., Decewicz P., Dziewit L., Radlinska M., Krawczyk P.S., Lipinski L., Adamska D., Drewniak L. 2017. Analysis of the genome and mobilome of a dissimilatory arsenate reducing Aeromonas sp. O23A reveals multiple mechanisms for heavy metal resistance and metabolism. Frontiers in Microbiology 8: 936. Przeczytaj
10. Romaniuk K., Dziewit L., Decewicz P., Mielnicki S., Radlinska M., Drewniak L. 2017. Molecular characterization of the pSinB plasmid of the arsenite oxidizing, metallotolerant Sinorhizobium sp. M14 – insight into the heavy metal resistome of sinorhizobial extrachromosomal replicons. FEMS Microbiology Ecology 93: fiw215. Przeczytaj
11. Drewniak L., Sklodowska A., Manecki M., Bajda T. 2017. Solubilization of Pb-bearing apatite Pb₅(PO₄)₃Cl by bacteria isolated from polluted environment. Chemosphere 171: 302-307. Przeczytaj
12. Uhrynowski W., Debiec K., Sklodowska A., Drewniak L. 2017. The role of dissimilatory arsenate reducing bacteria in the biogeochemical cycle of arsenic based on the physiological and functional analysis of Aeromonas sp. O23A. Science of the Total Environment 598: 680-689. Przeczytaj
13. Adamczuk M., Dziewit L. 2017. Genome-based insights into the resistome and mobilome of multidrug-resistant Aeromonas sp. ARM81 isolated from wastewater. Archives of Microbiology 199: 177-183. Przeczytaj
14. Burczynska A., Dziewit L., Decewicz P., Struzycka I., Wroblewska M. 2017. Application of the metagenomic analyses in dentistry, as a novel strategy enabling complex insight into microbial diversity of the oral cavity. Polish Journal of Microbiology 66: 9-15. Przeczytaj
15. Debiec K., Krzysztoforski J., Uhrynowski W., Sklodowska A., Drewniak L. 2017. Kinetics of arsenite oxidation by Sinorhizobium sp. M14 under changing environmental conditions. International Biodeterioration & Biodegradation 119: 476-485. Przeczytaj
16. Burczynska A., Struzycka I., Dziewit L., Wroblewska M. 2017. Periapical abscess – etiology, pathogenesis and epidemiology. Przegląd Epidemiologiczny 71: 417-428. Przeczytaj
17. Alsarraf M., Mohallal E.M.E., Mierzejewska E.J., Behnke-Borowczyk J., Welc-Faleciak R., Bednarska M., Dziewit L., Zalat S., Gilbert F., Behnke J.M., Bajer A. 2017. Description of Candidatus Bartonella fadhilae n. sp. and Candidatus Bartonella sanaae n. sp. (Bartonellaceae) from Dipodillus dasyurus and Sekeetamys calurus (Gerbillinae) from the Sinai Massif (Egypt). Vector-Borne and Zoonotic Diseases 17: 483-494. Przeczytaj