Plazmidy z głębin

Serdecznie zapraszamy na seminarium instytutowe: w poniedziałek 9 grudnia o godz. 14.00 w sali 102B mgr Karol Ciuchciński z Zakładu Mikrobiologii i Biotechnologii Środowiskowej przedstawi seminarium pt.: „Identyfikacja i charakteryzacja sekwencji plazmidowych pochodzących z kominów hydrotermalnych„.

 

Streszczenie:

Plazmidy odgrywają kluczową rolę w adaptacji i ewolucji mikroorganizmów, jednak ich różnorodność i rola w adaptacji do środowisk ekstremalnych pozostają słabo zbadane. Sekwencje plazmidowe pochodzące z głębokomorskich kominów hydrotermalnych zostały zidentyfikowane za pomocą 3 nowych narzędzi: PlasX, GeNomad i PLASMe. Wyniki uzyskane z wykorzystaniem każdego z narzędzi zostały porównane, a następnie wskazane zostały wady i zalety każdego z nich. W celu wytypowania sekwencji o największym prawdopodobieństwie pochodzenia plazmidowego, zastosowano system majority voting. Wśród wytypowanych przez system sekwencji zaobserwowano liczne systemy toksyna-antytoksyna, a znaczna część została zaklasyfikowana jako pochodzące z Pseudomonadota lub Campylobacterota. Odkrycia te przyczyniają się do zrozumienia roli plazmidów w kształtowaniu ekosystemów kominów hydrotermalnych a także do znacznego poszerzenia wiedzy w zakresie występujących tam mechanizmów adaptacyjnych.