Charakterystyka nukleazy MobK

12 10 2022

Witamy wszystkich w nowym roku akademickim. Wznawiamy nasze seminaria i zapraszamy w najbliższy poniedziałek, 17 października o godzinie 14:00. W tym roku mamy przyjemność wznowić seminaria w formie stacjonarnej, zapraszamy serdecznie do sali seminaryjnej 102B. Pierwsze seminarium zatytułowane ” Fascynujący świat nukleaz nacinających i religujących DNA: charakterystyka nukleazy MobK z rodziny DNA_BRE_C” wygłosi dr Paweł Wawrzyniak z Zakładu Genetyki Bakterii.

Streszczenie:

Zdolność do nacinania i religacji DNA wykazano u różnego typu nukleaz: DNA_BRE_C, DDE, rekombinaz serynowych, białek inicjujących replikację według modelu toczącego się koła (np. nukleaz HUH czy Rep_trans). Enzymy te różnią się od siebie, jednak zasadniczo wykorzystują podobny mechanizm do przecinania i ponownego łączenia nici DNA. Obydwie reakcje zachodzą bez zewnętrznego źródła energii i przeważnie bez udziału białek towarzyszących. Enzymy nacinające i religujące DNA posiadają niezwykły potencjał do inicjowania różnego typu procesów istotnych dla funkcjonowania chromosomów komórek eukariotycznych, archeonów i prokariontów, a także ruchomych elementów genetycznych.

Nukleazy z rodziny DNA_BRE_C (posiadające C- końcową domenę katalityczną DNA_BRE_C) to między innymi rekombinazy tyrozynowe (RT). Ze względu na ich szerokie wykorzystanie w biologii molekularnej RT (między innymi Cre, λ Int, Flp XerC/D) są przedmiotem intenstwnych badań. Zwróciliśmy uwagę, że badania te nie obejmują jednak potencjalnie ważnej grupy tych enzymów. Przeglądając bazy danych zidentyfikowaliśmy około 10000 białek przypominających RT, kodowanych głównie przez plazmidy bakteryjne, które posiadają jedynie domenę katalityczną. Typowe RT zbudowane są zaś z co najmniej dwóch domen: C-końcowej domeny katalitycznej oraz N- końcowej domeny wiążącej DNA. Te nietypowe białka nazwaliśmy “małymi” nukleazami DNA_BRE_C. Co więcej, w naszym laboratorium, pokazaliśmy nową rolę biologiczną tych białek, nie przypisywaną wcześniej nukleazom DNA_BRE_C – mobilizację (Mob) plazmidowego DNA do transferu koniugacyjnego z komórki dawcy do komórki biorcy za pośrednictwem system sekrecji typu czwartego. Ostatnio opublikowane wyniki naszych badań, dotyczących “małej” nukleazy DNA_BRE_C, białka MobK z plazmidu pIGRK potwierdzają, że MobK jest dogodnym modelem badawczym i ujawniły kolejne interesujące właściwości tego białka.