Zakład Mikrobiologii Medycznej

Numer projektu: BOB-IDUB-622-164/2021
Instytucja finansująca: Uniwersytet Warszawski, Program Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza
Tytuł projektu: Rezerwuar środowiskowy a cykl zakaźny chorobotwórczych glonów z rodzaju Prototheca. Ocena występowania glonów Prototheca spp. w środowiskach glebowych.
Okres realizacji: 2021-2022
Kierownik: dr hab. Tomasz Jagielski
Budżet: 99 951,81 PLN

Numer projektu: 2017/27/L/NZ6/03279
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Zastosowanie analizy genomicznej dla zbadania mechanizmów lekooporności, wirulencji i transmisji szczepów Mycobacterium tuberculosis z obszaru Litwy i Polski
Okres realizacji: 2018-2021
Kierownik: dr hab. Tomasz Jagielski
Budżet: 1 743 194 PLN

Numer projektu: 0258/IP1/2016/74
Instytucja finansująca: Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Charakterystyka mykobiomu skóry osób zdrowych oraz pacjentów z atopowym zapaleniem skóry
Okres realizacji: 2016-2019
Kierownik: dr Tomasz Jagielski
Budżet: 300 000 PLN

Numer projektu: 2014/15/D/NZ7/01797
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Ocena potencjału epidemicznego chorobotwórczych glonów z rodzaju Prototheca w Polsce: badania środowiskowe, kliniczne i molekularne prototekozy u zwierząt
Okres realizacji: 2015-2018
Kierownik: dr Tomasz Jagielski
Budżet: 1 063 406 PLN

Numer projektu: LIDER/044/457/L-4/12/NCBR/2013
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Tytuł projektu: Nowy algorytm identyfikacji zakażeń Mycobacterium kansasii
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: dr Tomasz Jagielski
Budżet: 1 200 000 PLN

Numer projektu: 2013/09/N/NZ2/00248
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Tytuł projektu: Poszukiwanie genów kodujących czynniki wirulencji Prototheca wickerhamii, oportunistycznego patogenu dla ludzi, badanie pilotażowe otwierające projekt sekwencjonowania genomu Prototheca wickerhamii
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: mgr Zofia Bakuła (opiekun naukowy: dr Tomasz Jagielski)
Budżet: 150 000 PLN

Numer projektu: 2013/09/N/NZ1/00182
Instytucja finansująca: Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Charakterystyka zdolności Bacillus subtilis do indukcji prezentacji antygenów na powierzchni komórek eukariotycznych
Okres realizacji: 2014-2017
Kierownik: mgr Katarzyna Roeske (opiekun naukowy: dr Radosław Stachowiak)
Budżet: 150 000 PLN

Numer projektu: 0236/IP1/2013/72
Instytucja finansująca: Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Ocena polimorfizmu genetycznego grzybów z rodzaju Scopulariopsis – opracowanie molekularnej diagnostyki patogennych szczepów Scopulariopsis sp.
Okres realizacji: 2013-2015
Kierownik: dr Tomasz Jagielski
Budżet: 360 000 PLN

Numer projektu: 0187/IP1/2011/71
Instytucja finansująca: Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Identyfikacja oraz analiza genetyczna mutacji warunkujących lekooporność w szczepach klinicznych Mycobacterium tuberculosis typu MDR
Okres realizacji: 2012-2014
Kierownik: dr Tomasz Jagielski
Budżet: 450 000 PLN

Numer projektu: N R13 004 606
Instytucja finansująca: Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Tytuł projektu: Nowy uniwersalny wektor i jego zastosowania do konstrukcji szczepionki nowej generacji
Okres realizacji: 2009-2013
Kierownik: prof. dr hab. Jacek Bielecki
Budżet: 1 911 797 PLN

1. Bakuła Z., Wuyep V.B., Bartocha Ł., Vyazovaya A., Ikeh E.I., Bielecki J., Mokrousov I., Jagielski T.  Molecular snapshot of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from the Plateau State, Nigeria. PLoS One, 2022, 17(5), e0266837
2. Antimycobacterial Susceptibility Testing Group. Updating the approaches to define susceptibility and resistance to anti-tuberculosis agents: implications for diagnosis and treatment. European Respiratory Journal, 2022, 59:e2200166.

1. Dziurzynski M., Decewicz P., Iskra M., Bakuła Z., Jagielski T. Prototheca-ID: a web-based application for molecular identification of Prototheca species. Database, Volume 2021, Issue 2021, 2021, baab073
2. Fidelis, C.E., Franke, M., de Abreu, L.C.R., Jagielski, T., Ribeiro, M.G., Dos Santos, M.V., Gonçalves, J.L. 2021. MALDI-TOF MS identification of Prototheca algae associated with bovine mastitis. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation. 33:1168-1171.
3. Minias, A., Gąsior, F., Brzostek, A., Jagielski, T., Dziadek, J. 2021. Cobalamin is present in cells of non-tuberculous mycobacteria, but not in Mycobacterium tuberculosis. Scientific Reports 11:e12267.
4. Bakuła Z, Siedlecki P, Gromadka R, Gawor J, Gromadka A, Pomorski JJ, Panagiotopoulou H, Jagielski T. 2021. A first insight into the genome of Prototheca wickerhamii, a major causative agent of human protothecosis. BMC Genomics 22:e168.
5. Masuda M, Jagielski T, Danesi P, Falcaro C, Bertola M, Krockenberger M, Malik R, Kano R. 2021. Protothecosis in dogs and cats – new research directions. Mycopathologia 186:143-152.

1. Medina N, Soto-Debrán JC, Seidel D, Akyar I, Badali H, Barac A, Bretagne S, Cag Y, Cassagne C, Castro C, Chakrabarti A, Dannaoui E, Cardozo C, Garcia-Rodriguez J, Guitard J, Hamal P, Hoenigl M, Jagielski T, Khodavaisy S, Lo Cascio G, Martínez-Rubio MC, Meletiadis J, Muñoz P, Ochman E, Peláez T, Perez-Ayala Balzola A, Prattes J, Roilides E, Ruíz-Pérez de Pipaón M, Stauf R, Steinmann J, Suárez-Barrenechea AI, Tejero R, Trovato L, Viñuela L, Wongsuk T, Żak I, Zarrinfar H, Lass-Flörl C, Arikan-Akdagli S, Alastruey-Izquierdo A. 2020. MixInYeast: a multicenter study on mixed yeast infections. Journal of Fungi 7:e13.
2. Krzyściak P, Bakuła Z, Gniadek A, Garlicki A, Tarnowski M, Wichowski M, Jagielski T. 2020. Prevalence of Malassezia species on the skin of HIV-seropositive patients. Scientific Reports 10:e17779.
3. Krukowski H, Bakuła Z, Iskra M, Olender A, Bis-Wencel H, Jagielski T. 2020. The first outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in dairy cattle in Poland with evidence of on-farm and intrahousehold transmission. Journal of Dairy Science 103:10577-10584.
4. Minias A, Żukowska L, Lach J, Jagielski T, Strapagiel D, Kim S-Y, Koh W-J, Adam H, Bittner R, Truden S, Žolnir-Dovč M, Dziadek J. 2020. Subspecies-specific sequence detection for differentiation of Mycobacterium abscessus complex. Scientific Reports 10:e16415.
5. Bakuła Z, Gromadka R, Gawor J, Siedlecki P, Pomorski JJ, Maciszewski K, Gromadka A, Karnkowska A, Jagielski T. 2020. Sequencing and analysis of the complete organellar genomes of Prototheca wickerhamii. Frontiers in Plant Science 11:e1296.
6. Jagielski T, Borówka P, Bakuła Z, Lach J, Marciniak B, Brzostek A, Dziadek J, Dziurzyński M, Pennings L, van Ingen J, Žolnir-Dovč M, Strapagiel D. 2020. Genomic insights into the Mycobacterium kansasii complex: an update. Frontiers in Microbiology 10:e2918.

1. Jagielski T, Bakuła Z, Gawor J, Maciszewski K, Kusber W-H, Dyląg M, Nowakowska J, Gromadka R, Karnkowska A. 2019. The genus Prototheca (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) revisited: implications from molecular taxonomic studies. Algal Research 43:e101639.
2. Dos Anjos C, Sellera FP, Gargano RG, Lincopan N, Pogliani FC, Ribeiro MG, Jagielski T, Sabino CP. 2019. Algicidal effect of blue light on pathogenic Prototheca species. Photodiagnosis and Photodynamic Therapy 26:210-213.
3. Jagielski T, Krukowski H, Bochniarz M, Piech T, Roeske K, Bakuła Z, Wlazło Ł, Woch P. 2019. Prevalence of Prototheca spp. on dairy farms in Poland – a cross-country study. Microbial Biotechnology 12:556-566.
4. Bakuła Z, Javed H, Pleń M, Jamil N, Tahir Z, Jagielski T. 2019. Genetic diversity of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Punjab, Pakistan. Infection, Genetics and Evolution 72:16-24.
5. Jagielski T, Roeske K, Bakuła Z, Piech T, Wlazło Ł, Bochniarz M, Woch P, Krukowski H. 2019. A survey on the incidence of Prototheca mastitis in dairy herds in Lublin province, Poland. Journal of Dairy Science 102:619-628.
6. Kordalewska M, Kalita J, Bakula Z, Brillowska-Dąbrowska A, Jagielski T. 2019. PCR-RFLP assays for species-specific identification of fungi belonging to Scopulariopsis and related genera. Medical Mycology 57:643-648.

1. Roeske K, Stachowiak R, Jagielski T, Kamiński M, Bielecki J. 2018. Delivery of chicken egg ovalbumin to dendritic cells by listeriolysin O-secreting vegetative Bacillus subtilis. Journal of Microbiology and Biotechnology 28:122-135.
2. Javed H, Bakuła Z, Pleń M, Hashmi HJ, Tahir Z, Jamil N, Jagielski T. 2018. Evaluation of Genotype MTBDRplus and MTBDRsl assays for rapid detection of drug resistance in extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Pakistan. Frontiers in Microbiology 9:e2265.
3. Jagielski T, Gawor J, Bakuła Z, Decewicz P, Maciszewski K, Karnkowska A. 2018. cytb as a new genetic marker for differentiation of Prototheca. Journal of Clinical Microbiology 56:e00584-18.
4. Jagielski T, Bakuła Z, Brzostek A, Minias A, Stachowiak R, Kalita J, Napiórkowska A, Augustynowicz-Kopeć E, Żaczek A, Vasiliauskiene E, Bielecki J, Dziadek J. 2018. Characterization of mutations conferring resistance to rifampin in Mycobacterium tuberculosis clinical strains. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 62:e01093-18.
5. Jagielski T, Bakuła Z, Pleń M, Kamiński M, Nowakowska J, Bielecki J, Wolska KI, Grudniak AM. 2018. The activity of silver nanoparticles against microalgae of the Prototheca. Nanomedicine 13:1025-1036.
6. Jagielski T, Niedźwiecka K, Roeske K, Dyląg M. 2018. 3-bromopyruvate as an alternative option for the treatment of protothecosis. Frontiers in Pharmacology 9:e375.
7. Bakuła Z, Kościuch J, Safianowska A, Proboszcz M, Bielecki J, van Ingen J, Krenke R, Jagielski T. 2018. Clinical, radiological and molecular features of Mycobacterium kansasii pulmonary disease. Respiratory Medicine 139:91-100.
8. Murugaiyan J, Lewin A, Kamal E, Bakuła Z, van Ingen J, Ulmann V, Josebe Unzaga Barañano M, Humięcka J, Safianowska A, Roesler U, Jagielski T. 2018. MALDI spectra database for rapid discrimination and subtyping of Mycobacterium kansasii. Frontiers in Microbiology 3:e587.
9. Bakuła Z, Brzostek A, Borówka P, Żaczek A, Szulc-Kiełbik I, Podpora A, Parniewski P, Strapagiel D, Dziadek J, Proboszcz M, Bielecki J, van Ingen J, Jagielski T. 2018. Molecular typing of Mycobacterium kansasii using pulsed-field gel electrophoresis and newly designed variable-number tandem repeat analysis. Scientific Reports 8:e4462.
10. Bakuła Z, Modrzejewska M, Pennings L, Proboszcz M, Safianowska A, Bielecki J, van Ingen J, Jagielski T. 2018. Drug susceptibility profiling and genetic determinants of drug resistance in Mycobacterium kansasii. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 62:e01788-17.
11. Witkowska E, Jagielski T, Kamińska A. 2018. Genus- and species-level identification of dermatophyte fungi by surface-enhanced Raman spectroscopy. Spectrochimica Acta A Molecular and Biomolecular Spectroscopy 192:285-290.
12. Jankowski M, Jagielski T, Misiak G, Czajkowski R. 2018. Hand dermatitis with Hanseniaspora uvarum as a plausible causative agent. Advances in Dermatology and Allergology 35:641-643.

1. Jagielski T, Gawor J, Bakuła Z, Zuchniewicz K, Gromadka R, Żak I. 2017. An optimized method for high quality DNA extraction from microalga Prototheca wickerhamii for genome sequencing. Plant Methods 13:e77.
2. Jagielski T, Dyląg M, Roesler U, Murugaiyan J. 2017. Isolation of infectious microalga Prototheca wickerhamii from a carp (Cyprinus carpio) – a first confirmed case report of protothecosis in a fish. Journal of Fish Diseases 40:1417-1421.
3. Dyląg M, Hryncewicz-Gwóźdź A, Jagielski T. 2017. Onychomycosis due to Arthrinium arundinis – first case report. Acta Dermato-Venereologica 97:860-861.
4. Alves AC, Capra E, Morandi S, Cremonesi P, Pantoja JC, Langoni H, de Vargas AP, da Costa MM, Jagielski T, Bolaños CA, Guerra ST, Ribeiro MG. 2017. In vitro algicidal effect of guanidine on Prototheca zopfii genotype 2 strains isolated from clinical and subclinical bovine mastitis. Letters in Applied Microbiology 64:419-423.
5. Jagielski T, Bakuła Z, Di Mauro S, Casciari C, Cambiotti V, Krukowski H, Turchetti B, Ricchi M, Manuali E, Buzzini P. 2017. A comparative study of the in vitro activity of iodopropynyl 1 butylcarbamate (IPBC) and amphotericin B (AMB) against Prototheca. Journal of Dairy Science 100:7435-7445.
6. Jagielski T. 2017. FATE: the new partnership to Fight Against TB in Central and Eastern Europe. Lancet Infectious Diseases 17:363.